怎樣用primer premier5.0軟件設計引物序列

primer premier5.0是一款功能很強大的軟件，在分子生物學研究中被廣泛運用。常被用於PCR反應中最重要的一環———引物設計過程。引物的好壞直接能關係到PCR實驗的成功與否，同時在設計引物的時候也需要滿足種種條件，因此利用該軟件的計算分析功能，我們能快速得到我們最需要最適合的引物。那麼，如何操作該軟件設計引物序列呢？請看下面的操作。

操作方法

（01）先下載好primer premier5.0軟件，按註冊機提示激活該軟件，然後雙擊打開該軟件。如下圖示

（02）然後進入NCBI數據庫裏面選擇自己需要設計引物的基因，然後查找到該基因的DNA序列。一般以搜索Nucleotide可以得到包含該基因序列的詳細信息，圖中以基因LOC100159271為例。

（03）點擊上圖中頁面靠右上角“send”旁邊的倒三角形下拉符號，在下拉框下面圓點選擇“Coding Sequences”，Format下面選擇“FASTA Nucleotide”,最後點擊“Create File”,可以得到TXT的序列文檔的下載提示框。

（04）在下載提示框裏點擊下載，將得到的序列TXT文檔下載下來，然後打開該文檔，選擇文檔中的基因序列部分，複製。如下圖示。

（05）然後回到primer premier5.0 打開界面，點擊左上角的“file”,選擇下拉框中的“new”,再點擊橫框中的“DNA Sequence”,則會彈出新的對話框。如下圖示

（06）在上述界面中，導入你複製的序列，即在下面紅箭頭所指的地方Ctrl + V（粘貼） 你剛才複製的序列，在新的對話框內按“OK”選項，這樣TXT文檔中的序列就被導入到軟件中了。

（07）點擊下圖1中左上角中的“primer”，彈出新界面如下面圖2所示，點擊圖2中的偏左上角中的“Search”,則會彈出新界面。

（08）如下圖示新界面，在新界面設置你需要設計的引物的相關參數。主要有五個要設置的地方，如下圖紅箭頭標示。第一個地方是選擇設計PCR引物，測序引物和雜交探針，如果要做PCR就選第一個圈圈“設計PCR引物”。第二個地方是搜尋模式，一般我們搜索引物是以對搜，所以一般選"pairs"。第三個地方是正負鏈的所在區間以及產物的大小長度，這個按自己的需要來，跟實驗目的有關，具體情況具體分析。第四個地方是引物的長度以及正負波動值，一般來説引物長度在18——27範圍內。第五個地方是選擇模式，一般選“auto”。設置完上面所説的這些地方後按“OK”鍵，則跳轉到新界面。

（09）在新界面中點擊“OK”（如下圖示），會出現新界面。

（10）在新界面中，右邊表示引物的相關評分等信息，左邊是該引物結合所在區間位置。

（11）一般來説，選擇右邊評分最高的引物，點擊使其成綠色，然後點擊左上角對話框中的“File”下面的“print”橫框中點擊"Current Pair", 這樣就能將所獲得的設計的引物序列以及其詳細信息導出來了。