因為南明存在的時間很短，政權不穩定，沒有穩定的疆域，所以南明不被正史承認。李自成推翻明朝統治後，南明便在南方悄然而生。當時明朝宗室和一大部分文武大臣逃往南方，他們在南方擁立明朝皇室宗族成立了南明小朝廷，而第一任南明皇帝叫做朱由崧，史稱弘光皇帝。
但遺憾的是，南明沒有被正史承認，只當做是小朝廷，而那時滿清打敗大順政權，入主中原，接替大明成為了正統。值得一提的是，連推翻明朝的李自成大順政權都沒有計入朝代表，何況是偏安一隅的南明。
當年金人南下，掠走宋徽宗宋欽宗以及大量皇室成員、後宮妃子、大臣、宮女等等，史稱為“靖康之變”。而康王趙構倖免於難，並在北宋遺臣擁護下，到陪都南京應天府登基稱帝，建立南宋政權，史稱宋高宗。南宋延續了北宋一百五十多年的光輝，是被正史承認，所以宋朝又分為北宋和南宋。
南明存在的時間很短暫，從1644年到1683年，從弘光政權建立到台灣延平王降清，最後一支明朝抗清勢力覆滅，這中間不過三四十年。南明歷經四帝一監國，分別是弘光政權、魯王監國、隆武政權、紹武政權、永曆政權，明鄭時期。其中有的政權幾個月就消亡了，有的長達十幾年而已。
而南宋存在了一百五十多年，南明只是南宋一個零頭。同時南明政權更新太快，有時南明監國不止一個，甚至中後期，南明同一時間存在兩個皇帝，一個是邵武皇帝另一個是永曆皇帝，這兩個南明皇帝為了爭誰是正統還打了一架。
南明內部太亂了，政權又不穩定，很難被認定是正式行政體系。除了政權不穩定外，南明地盤也不穩定，在弘光元年時期，南明還佔據着半壁江山，而到了永曆後期，不過才過了十幾年，南明只剩一省之地，再後來連這最後一省也丟了，永曆皇帝則逃亡緬甸，成為流亡皇帝。最後，吳三桂逼緬甸國王交出了永曆皇帝，後吳三桂將其絞殺在昆明，至此，南明覆滅。
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