人與天地相應的整體觀是中醫理論的關鍵所在，而子午流注是這個理論體系中具有指導性和可操作性的學説。這個聽起來十分耳熟的名詞，由於其古奧難懂，學理艱深，臨牀應用並不普遍
（01）簡單地來説，子午流注就是指人體中的十二條經脈對應着每日的十二個時辰，由於時辰在變，因而不同經脈中的氣血在不同的時辰也有盛有衰。人是大自然的組成部分，人的生活習慣應該符合自然規律。現代時間生物學證明，人體生命現象、生理活動都具有相對穩定的時間節律性，包括季節、晝夜等節律。有人稱此為“生物鐘”，反映出人與自然的密切聯繫。子午流注是把人的十二條經脈在十二個時辰中的盛衰規律，有序地聯繫起來，又通過人體的五臟六腑與十二經脈相配的關係，預測出某臟腑經絡的氣血在某個時辰的盛或衰，環環相扣，按照氣血的盛或衰來進行治病養生，使治病養生都有了更強的針對性，從而達到事半功倍的效果。
（02）從字面看，“子午流注”是由“子午”和“流注”組成的，以子午言時間，以流注喻氣血。具體地説，“子”和“午”是十二地支中的第一數和第七數，是時間的兩個極點，它們分別表示兩種相反相成、對立統一的範疇或概念，是我國古代用來紀時、標位以及記述事物生長化收藏等運動變化過程或狀態的符號。“流”、“注”兩字，乃表示運動變化的概念，“流注”從狹義來説，是形容自然界水的流動轉註。《詩經》：“如川之流，豐水東注”即為此意。這裏借用“流注”是指人體經絡中氣血的流行灌注。顧名思義，子午流注就是時空和運動的統一，是中國古代天人合一理論在傳統生命科學上的體現。
（03）子午流注遵循陰陽變化的規律。《鍼灸大成·論子午流注》説：“子時一刻，乃一陽之生；至午時一刻，乃一陰之生，故以子午分之而得乎中也。流者，往也。注者，住也。”所以説，子代表陽生，為陽氣之首,流代表陽生的過程；午代表陰生，午為陰氣之初，注代表陰藏的過程。它含有陽極生陰，陰極生陽的運動規律。《素問·生氣通天論篇》説:“平旦人氣生，日中而陽氣隆，日西而陽氣已虛，氣門乃閉”。意思是白天陽氣盛，機體的生理功能以興奮為主。黑夜陰氣盛，機體的生理功能以抑制為主。機體通過陰陽消長的不斷平衡，來維持正常的生命活動。人體的活動符合此規律時，身體處於自然的狀態，有消耗也有補充。如果破壞此規律，則只有消耗，生命就會處於能量加速損失狀態。
（01）養生防病：在每天的十二個時辰中，從亥時開始（21點）到寅時結束（5點），是人處於地球旋轉到背向太陽一面時間，此時陰盛，陰主靜，所以人體要在安靜的狀態中休息入眠。此時正是人體細胞休養生息、推陳出新的時間，要有充足的睡眠，才會有良好的身體狀態。正如睡覺多的嬰兒長得胖，長得快；愛鬧覺的孩子發育不好。又如，有的人工作、應酬繁忙，經常半夜兩三點才睡，時間久了就會有頭痛、目赤、失眠、脾胃不適、食慾差等症狀。這是因為，晚上11點至凌晨3點行的是膽經及肝經。此段時間不能靜卧休息，回肝血量不足，不能制約肝之陽氣升騰，肝陽上亢，肝火上升，以致頭痛目赤、頭暈不適。同時由於肝木旺盛，克傷脾土，影響脾胃功能，因而會有脾胃不適、食慾差等症狀。所以，根據子午流注法，利用人體經脈隨着時間的不同而盛衰開闔的變化，把握好養生的規律，對提高、改善人的身體素質、延年益壽的作用是不能忽視的。
（02）指導用藥：根據子午流注的理論，通過對人體內部活動節律性的認識，中醫總結出擇時用藥的重要性，認為給藥時間與療效高低及毒副反應的輕重有密切的關係，臨牀可根據各個藥物的藥性特點、臟腑經絡的盛衰，及氣血運行的生理時鐘擇時用藥，當藥物的藥性特點與人體生理活動的晝夜節律相同步，也就是選擇了病人的最佳用藥時間給藥，就會使藥物充分發揮藥效，病情就會更快好轉，就能獲得藥半功倍的效果。例如，陽藥用於陽長之時，陰藥用於陰長之時，升藥用於升時，降藥用於降時。凡是需要藉助人體陽氣來扶正祛邪的，如扶陽益氣，温中散寒，行氣和血，消腫散結等方藥，宜於早晨或上午服用。心率過緩者或心率過速者可在上午11點服藥。服用凡是需要借陰氣祛邪的，如滋陰補血，收斂固澀，鎮靜安神，定驚熄風，清熱解毒等方藥，宜於傍晚或午後服用。臨牀上證明，寅時（肺經旺），有肺病的人此時症狀加重，所以，劇咳或哮喘或發燒者，寅時（３點-５點）給藥比白天常規服藥效果好。皮膚病人的外用藥晚上用藥比白天用藥效果顯著。用滋陰藥治失眠不寐，入夜一次服用效果佳，而分為早晚兩次服，不但夜裏睡不好，白天精神也不好。服用解表藥時如病情不是急症，可於中午以前陽分時間給藥，順應陽氣浮升有助於藥力驅邪祛病。而瀉下藥則遵“日晡人氣收降”之論，入夜前服用。
（03）鍼灸取穴：臨牀醫學中應用最廣的要數子午流注指導鍼灸取穴。狹義地説，子午流注就是中醫的時間鍼灸醫學，也叫最佳時間鍼灸法，是中醫鍼灸醫學不可或缺的重要組成部分。鍼灸臨牀可根據氣血盛衰的病理表現、穴位開闔的時間施以補瀉手法，以協調陰陽氣血的平衡，從而達到治療的目的。它是將很多因素綜合運用在鍼灸取穴上，以達到最佳療效的一種獨特的古典針法，具有施針安全、療程短、效果顯著等優點。據近年實驗研究數據顯示，子午流注針法的治癒率遠遠高於常用的普通鍼灸法，尤其對一些慢性疑難頑症，往往效如桴鼓。例如，咳嗽、胸滿、氣喘等症為手太陰肺經病症，肺屬金，它的母穴是屬土的太淵穴，子穴是屬水的尺澤穴。如果肺經邪氣實，就在肺氣方盛的寅時，取尺澤穴行瀉法；如果正氣虛，則應在肺氣方衰的卯時取太淵穴行補法。
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