如何在NCBI上查找某一基因序列及其啟動子

有時研究某一基因需要它的基因序列及其啟動子。現在很多已經測序的物種的序列都很容易找到。這裏以擬南芥某一基因為例，介紹如何利用NCBI查找這些序列。

操作方法

（01）打開NCBI官網；

（02）在搜索框中找到“gene”,並輸入想要查找的基因號，這裏隨便搜一個（at1g11110）,然後“search”；

（03）在搜索結果中，找到如下圖中的“MapViewer”，查看基因在染色體中的位置；

（04）下一步的結果就能夠查看該基因的位置，還有很多其他的信息，且不管它，找到右上角的“Download/View Sequence/Evidence”，進去下載所需的序列；

（05）你可以查看到兩種形式的序列：FASTA和GenBank，推薦使用後者，因為可以看到對序列的註釋，可以清楚的看到哪是基因，哪是啟動子，哪是CDS等。而前者只是純粹的序列。點擊“display”查看；

（06）由下圖可以看出，該基因序列範圍：288..2583，mRNA範圍：(288..355,444..467,653..935,1032..1135,1253..1375,                     1641..1803,2052..2583)，CDS範圍：(444..467,653..935,1032..1135,1253..1375,1641..1803,                     2052..2188)。基因中的外顯子不是連續的，因此CDS也不是連續的；

（07）CDS上游的序列就是該基因啟動子部分，而具體的啟動子的長度是不一樣的，可以根據需要進行選擇。如果覺得上游的序列不夠長，可以在右上角設定顯示的鹼基的範圍，從而獲得足夠長度的序列；

（08）希望可以幫到有需要的人。